Poznatky získané v průběhu 90. let v rámci teoreticky zaměřeného programu akademie Ekologie a duchovnost vedly k zahájení rozsáhlého projektu Centra pro aplikaci obnovitelných zdrojů energie, které se soustřeďuje na ekologické vzdělávání a poradenství a na ekologickou praxi. Centrum prezentuje obnovitelné energetické technologie v prostředí církve a společnosti.
Nedílnou součástí Centra jsou instalace zařízení využívajících obnovitelné zdroje energie. Záměr byl instalovat technologie střední velikosti, tj. ne pouze demonstrační, ale takové, které jsou za daných podmínek schopny produkce čisté energie a zároveň zlepší energetickou i ekonomickou bilanci Pravoslavné akademie.
Zařízení slouží k názorné demonstraci možností aplikace obnovitelných zdrojů v běžných středoevropských podmínkách a dodávají čistou energii, teplo a světlo.
Konkrétně byly v  rámci Centra pro aplikaci obnovitelných zdrojů energie při Pravoslavné akademii instalovány tyto technologie: solární systémy pro ohřev 500L a 1000L vody, větrná elektrárna Fuhrlander FL100 o výkonu 100 kW, zařízení na vytápění ekologické kanceláře biomasou o výkonu 25kW a dvě fotovoltaická zařízení na výrobu elektřiny ze slunce o výkonu 115W a 1,2 kW. Jako poslední zařízení byla v roce 2006 vybudována demonstrační malá vodní elektrárna Sv. apoštolů v Hornej Strede na západním Slovensku. Oblast ekologie a ochrany Božího stvoření se nakonec stala jedním z hlavních programů Pravoslavné akademie. Od roku 2000 je například akademií každoročně pořádán Den modliteb za ochranu Božího stvoření a od roku 2003 cyklistická pouť „Na kole za svatým Eliášem“.